Cuba cherche la protection de l'URSS
Le 2 avril 1962, l'Équateur rompt ses relations avec Cuba. Le 5 avril, les exilés cubains qui ont participé au débarquement de la Baie des Cochons sont condamnés à 30 ans de prison avec la possibilité de verser 62 millions de dollars pour les libérer. Le 16 avril, un accord commercial est signé entre Cuba et la Chine pour l'année en cours. Le 19 avril, Cuba signe un accord avec l'URSS qui prévoit la construction de 20 usines pour une valeur de 300 millions de dollars.
À Washington, les recherches de solutions pour faire tomber Fidel Castro continuent, évoquant même la possibilité de son assassinat. Entre janvier et août, 5.780 actions contre-révolutionnaires et 716 sabotages de cibles importantes pour l'économie cubaine sont comptabilisée sur l'île. Le 11 mai, ce dernier annonce la formation du Partido Unido de la Revolución Socialista (PURS) en remplacement des Organizaciones Revolucionarias Integradas. Le 14 mai, un nouvel accord commercial avec l'Union Soviétique assure à Cuba l'envoi de nourriture.
Cuba cherche un soutien militaire avec l'URSS afin d'empêcher une nouvelle invasion militaire. L'Union Soviétique ne s'engage pas mais, le 29 mai, une importante délégation de l'URSS incluant Sergueï Semionovitch Biryuzov, commandant en chef de la force de missiles stratégiques, se rend secrètement à Cuba pour suggérer le déploiement de missions soviétiques à Cuba. Ceci permet également aux soviétiques de neutraliser l'avantage que possèdent les États-Unis dans la course à l'armement nucléaire sur terre, sur mer et dans les airs grâce à leurs missiles en Turquie.
Installation de missiles à Cuba
Le 17 juillet, une ligne aérienne est mise en place et relie la Havane à Moscou. Le 3 septembre, l'URSS annonce l'envoi d'armes et d'accessoires militaires à Cuba et apporte son soutien économique pour que la production d'acier augmente. Le lendemain, les 2 pays signent un accord d'assistance militaire. En même temps, les USA proposent d'attaquer directement Cuba sous la forme d'une alliance militaire semblable à celles de l'OTAN.
Le 8 septembre, le navire soviétique Omsk livre à Cuba le premier chargement de missiles balistiques à moyenne portée. Le 11 septembre, l'URSS accuse les États-Unis d'agression continue contre Cuba. Ils affirment que les armes et les équipements qui ont été livrés sont "de nature exclusivement défensive". Ils se montrent prêts à une guerre en cas d'intervention américaine sur le sol cubain comme sur le sol soviétique. Le 13 septembre, le président John Fitzgerald Kennedy annonce que les USA ne permettront aucune action qui menace la sécurité du pays. Le 16 septembre, le cargo Poltava transporte sur l'île le second chargement de missiles balistiques à moyenne portée.
Le 25 septembre, un accord est signé entre Cuba et l'URSS pour la construction d'un port dans la baie de la Havane. Il servira de base pour la flotte de pêche soviétique sillonnant l'Atlantique. Le 27 septembre, le président soviétique Léonid Ilitch Brejnev déclare qu'une attaque envers Cuba entraînerait le début d'une guerre.
Le 2 octobre 1962, les USA proposent aux gouvernements d'Amérique latine et aux pays de l'OTAN des mesures pour durcir l'embargo économique contre Cuba. L'OEA condamne l'intervention chino-soviétique sur l'île. Le 4 octobre, le directeur de la CIA John Alex McCone demande une nouvelle approche du "problème cubain" qui soit plus dynamique (les sabotages planifiés doivent être exécutés et de nouveaux imaginés, une stratégie pour miner les ports doit être développée et les possibilités de capture pour interrogatoire des soldats de Fidel Castro doivent être étudiées).
Découverte des missiles soviétiques
Le 14 octobre, un pilote américain prend une photo aérienne qui démontre que l'URSS a commencé la construction de rampes de lancement de missiles à Cuba. Le lendemain, un autre vol confirme la présence de missiles SS-4 Sandal. D'autres photos permettent de savoir que ces missiles ont une portée supérieure à 1000 km. La CIA calcule que ces missiles sont pointés vers diverses villes américaines et qu'en cas de tir, ils causeraient la mort de 80 millions de personnes. John Fitzgerald Kennedy s'entretient avec le ministre de l'extérieur soviétique, Andreï Andreïevitch Gromyko, pour lui signifier que les USA ne tolèrent en aucun cas ces missiles sur le sol cubain. L'URSS fait semblant de ne pas comprendre et nie la présence de ces armes.
Le 22 octobre, John Fitzgerald Kennedy explique à la télévision la situation, déclenche un blocus aéro-naval pour mettre l'île en quarantaine et pose un ultimatum aux dirigeants soviétiques. Le lendemain, l'OEA appuie cette décision et valide l'utilisation de la force en cas de nécessité. Fidel Castro déclare la mobilisation totale des forces armées cubaines. Le 24 octobre, 4 sous-marins soviétiques approchent de la ligne de quarantaine avec l'ordre de poursuivre leur route vers Cuba, franchir le blocus par n'importe quel moyen et faire usage de leurs torpilles s'ils sont menacés. Nikita Serguéyevich Jrushchov envoie un message au président américain pour lui indiquer qu'il n'a aucune intention de respecter le blocus, ni de retirer ses missiles de Cuba. En cas d'agression, les sous-marins couleront les navires américains.
Un bras de fer naval s'installe. 45 pays non-alignés sollicitent le secrétaire général de l'ONU, Maha Thray Sithu U Thant, pour qu'il intervienne dans le conflit américano-soviétique. Il adresse une lettre à l'URSS dans laquelle il propose une suspension volontaire de tout envoi d'armes vers Cuba et une seconde aux USA pour demander le retrait du blocus pendant plusieurs semaines afin d'initier des discussions diplomatiques.
L'apogée de la crise des missiles
Le 25 octobre, les USA demandent de toute urgence une réunion au sein du Conseil de Sécurité de l'ONU. Les États-Unis demandent officiellement à l'URSS si des missiles existent sur le sol cubain. L'ambassadeur soviétique ne répond pas. Le 26 octobre, des discussions secrètes ont lieu entre les dirigeants américains et soviétiques. Nikita Serguéyevich Jrushchov laisse entendre qu'il est prêt à négocier et retirer ses missiles à condition que les USA garantissent publiquement la non-agression de Cuba. Le lendemain, il modifie sa position et demande dans un message diffusé à la radio que les USA retirent leurs missiles Jupiter en Turquie pour que l'URSS en fasse autant à Cuba.
Le 27 octobre, les USA résument les propositions faites dans une lettre adressée à l'URSS : l'Union soviétique accepte de démonter les rampes de lancement installées sur le sol cubain, retirer toute arme offensive et de stopper l'envoi d'armes vers l'île et les États-Unis s'engagent à lever la quarantaine sur Cuba et à donner l'assurance qu'ils n'envahiront pas l'île. Les USA demandent que ces conditions soient vérifiées par un organisme international. Après des discussions dans la soirée, les États-Unis acceptent également de retirer leurs missiles en Italie et en Turquie. On saura plus tard qu'ils étaient sur le point de devenir obsolètes. Le 28 octobre, sans avoir consulté Cuba, Nikita Serguéyevich Jrushchov annonce publiquement depuis Moscou qu'il accepte de retirer les missiles.
Cependant, les sous-marins sont encore une menace pour les USA. La chasse aux sous-marins commence. Le premier, suivi depuis plusieurs jours par la flotte américaine, remonte à la surface une fois ses batteries vides. Les navires américains harcèlent le second sous-marin et le forcent à faire surface pour recharger ses batteries et remplir ses réserves d'oxygène. Le 30 octobre, ce bâtiment soviétique est encerclé par les forces des États-Unis et se rend sans résistance. Le lendemain, après avoir tout essayé pour échapper aux forces américaines, le 3ème sous-marin est maîtrisé. Chaque engin est contrôlé et escorté loin de la ligne de blocus.
La fin de la crise
Les jours qui suivent, des reconnaissances aériennes prouvent que l'URSS démonte effectivement les rampes de lancement sur le sol cubain. Les missiles sont rapatriés en Union Soviétique. De plus, le 7 novembre, Nikita Serguéyevich Jrushchov accepte que les navires et sous-marins soviétiques soient inspectés. Le blocus américain est levé le 20 novembre. L'operation mongoose se termine, mettant fin aux sabotages et aux opérations paramilitaires financées par les USA.
La crise des missiles, apogée de la guerre froide, s'achève. Le monde est passé près d'une guerre nucléaire. De son côté, Fidel Castro perçoit ce dénouement comme une sorte de trahison de la part de l'URSS car il n'a pas été consulté durant les négociations américano-soviétiques. Il aurait notamment souhaité voir abordée la question de la base américaine à Guantánamo.
