Le grito de Baire
Le parti révolutionnaire de José Martí poursuit un objectif de libérer le pays et de trouver une solution économique. Pour cela, il cherche à maintenir un réseau de communication entre les exilés et les forces révolutionnaires. Une collecte de fonds effectuée auprès des travailleurs cubains exilés aux USA permet de financer des armes et des munitions.
Les réformes promises par Madrid sont une nouvelle fois reportées et la chute du prix du sucre plonge l'économie cubaine dans une très grave crise. José Martí donne l'ordre du soulèvement, la guerre est relancée le 24 février 1895 dans 34 zones de Cuba, bien que l'histoire retienne surtout le grito de Baire (cri de Baire, village situé à 75 km de Santiago). L'insurrection est en effet plus forte dans l'Oriente. Commence alors la seconde guerre d'indépendance. Les autorités matent rapidement l'insurrection.
De son côté, José Martí se rend au Costa Rica pour convaincre Antonio Maceo alias "le Titan de bronze" de la nécessité de son soutien au mouvement d'indépendance. Il fait de même avec Máximo Gómez en se déplaçant en République dominicaine où ils écrivent le Manifesto de Montecristi le 25 mars 1895 qui exprime le besoin de l'indépendance de Cuba, proclame l'égalité des races et l'acceptation des Espagnols qui ne s'opposent pas à l'indépendance.
Le 11 avril 1895, José Martí parti d'Haïti débarque sur les plages de Cajobabo à la tête d'une petite troupe armée qui comprend Máximo Gómez. José Martí est proclamé général-major de l'Armée de Libération. Début mai, ils rejoignent Antonio Maceo à La Mejorana, dans les montagnes de Baracoa pour mettre au point la stratégie militaire. Pendant la conquête de l'Oriente, José Martí meurt le 19 mai 1895 dans la bataille de Dos Ríos. Il devient un héros national.
Au plus fort de la guerre d'indépendance
Après sa mort, une assemblée constituante se réunit à Jimaguayú entre le 13 et le 18 septembre 1895. 20 membres représentent les 4 corps d'armée. Une constitution est promulguée le 16 septembre. Elle proclame clairement la sécession de Cuba et confie au général en chef le pouvoir de conduire la lutte armée contre les Espagnols, tandis que le pouvoir civil administrera les zones libérées. Máximo Gómez est nommé général en chef des armées et Antonio Maceo, lieutenant général. Les mandats sont limités à deux ans.
Les rebelles, dont on estime le nombre à 2.300 hommes, poursuivent leur route vers l'Occidente. Le gouverneur général Arsenio Martínez-Campos Antón ne réussit pas à restaurer l'ordre car ses troupes sont mal organisées et ne parviennent pas à venir à bout des rebelles. Il est remplacé par Valeriano Weyler y Nicolau en février 1896. Le 22 mars, Maceo et son armée atteignent Mantua, dans la région de Pinar del Río. Grâce à des méthodes très dures, Valeriano Weyler y Nicolau arrête l'avancée des insurgés. le 7 décembre, Antonio Maceo meurt durant une embuscade à San Pedro, dans la province de la Havane. Mais les méthodes du gouverneur sont contestées jusqu'en Espagne et il doit démissionner en octobre 1897 au profit de Ramón Blanco y Erenas.
Les rebelles réunissent une nouvelle assemblée constituante à la Yaya (Camagüey) le 27 octobre 1897. Entre temps, le parti libéral accède au pouvoir en Espagne et le nouveau chef de gouvernement, Práxedes Mateo Sagasta, publie le 25 novembre une constitution établissant un régime de grande autonomie pour Cuba et Porto Rico. Elle prend effet le 1er janvier 1989. Práxedes Mateo Sagasta déclare une amnistie pour les révolutionnaires. Cette décision provoque la division des insurgés. Mais c'est déjà trop tard. La guerre continuera tant que l'indépendance n'est pas acquise.
Les États-Unis entrent en jeu
Au début de l'année 1898, la guerre s'enlise. Les révolutionnaires ne parviennent pas à prendre le dessus et les Espagnols ne peuvent mater l'insurrection qui se niche dans les zones boisées de l'intérieur du pays. Aux États-Unis, se met en place une propagande anti-espagnole qu'animent les journaux. Comme le résume le patron du New York Time : "Fournissez les illustrations, je fournirai la guerre". Les mensonges et les photos horribles se retrouvent dans la presse. De fausses nouvelles sont publiées à Cuba. L'opinion du pays croit cette propagande. En janvier 1898, les États-Unis, jusqu'alors neutres, changent de politique.
Suite à des émeutes à La Havane, ils y envoient le vieux cuirassé USS Maine pour "protéger leurs intérêts". Le 15 février, le navire explose. 266 hommes périssent dans le naufrage. La raison est encore controversée de nos jours mais Washington l'impute rapidement à l'Espagne. Les États-Unis entrent en guerre en avril 1898, marquant ainsi le début de la guerre hispano-américaine. L'explosion du Maine offre un prétexte idéal pour les États-Unis qui avaient depuis longtemps des visées annexionnistes sur l'île. De plus, Cuba a une importance stratégique pour achever les travaux de percement d'un canal transocéanique dans l'isthme de Panamá, abandonné par Ferdinand de Lesseps en 1888. L'Espagne tend la main aux insurgés qui la refusent et font front aux côtés des Américains.
Cuba sous domination américaine
Le conflit jusqu'alors terrestre devient également maritime avec l'arrivée de l'US Navy. La flotte espagnole ne peut rivaliser contre les navires américains plus modernes. Militairement supérieures, les troupes américaines débarquent et prennent Santiago avec l'aide des troupes rebelles du général Calixto García. Les Espagnols capitulent le 16 juillet 1898 et signent le Traité de Paris le 10 décembre 1898. Ils renoncent à leur souveraineté sur Cuba, Porto Rico, Guam et les Philippines. Le 1er janvier 1899, les pouvoirs espagnols sont officiellement transférés aux États-Unis. Le 24 février 1899, le général Máximo Gómez entre triomphant à la Havane à la tête de ses troupes. Il est accueilli par des milliers de cubains. La guerre a fait 200.000 victimes cubaines.
Cependant, si l'île s'est libérée du joug espagnol, c'est pour mieux tomber sous la souveraineté américaine. Les USA établissent un protectorat sur les Philippines et annexent Porto Rico. Du fait de la fragilité de l'île cubaine, un protectorat militaire est établi et le pays est administré par les Américains. Cependant, le mécontentement du peuple est si grand, voyant que leur terre a simplement changé de maître, que les États-Unis préparent rapidement leur départ. Contrairement aux autres anciennes colonies espagnoles, le Congrès américain planifie le retrait des troupes dans l'amendement Platt.
Ce texte est intégré dans la constitution cubaine, rédigée par l'assemblée constituante cubaine, le 12 juin 1901. Il définit les termes des relations américano-cubaines et place le pays sous protectorat des États-Unis. Cet amendement leur accorde le droit d'intervenir à Cuba chaque fois qu'ils le jugeront utile et stipule que Cuba devra louer ou céder les terres nécessaires pour que les USA puissent garantir l'indépendance de Cuba. En contrepartie, l'île obtient des privilèges douaniers en particulier pour le sucre.
Le 20 mai 1902 naît officiellement la République de Cuba, avec la prise de fonction de son premier président, Tomás Estrada Palma, élu depuis le 31 décembre 1901. Cependant, ce n'est qu'avec la présidence du libéral José Miguel Gómez que s'achève le régime "spécial" du gouvernement d'intervention américain, non sans avoir au préalable signé le 2 juillet 1903 le bail correspondant à la location de la base militaire dans la baie de Guantánamo.